교회가 법인인 경우, 통상적으로 이는 비영리법인에 해당합니다. 비영리법인의 경우 고정자산의 처분으로 인해 생기는 소득에 대해서는 원칙적으로 법인세가 부과됩니다.

다만 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하는 부동산의 경우에는 여기에서 제외됩니다.

교회가 법인이 아닌 경우, 국세기본법 제13조에서 규정하는 요건을 충족하여 ‘법인으로 보는 단체’로 인정되지 않는다면, 위 교회는 세법상 개인으로 보게 됩니다.

따라서 개인으로 보는 교회가 자산의 매각으로 인한 양도차익을 얻었다면 이에 대해서는 양도소득세가 부과됩니다.

이 경우에는 법인세법이 적용되지 않기 때문에 위의 법인인 경우에서 설명한 예외 규정은 적용되지 않습니다.

따라서 교회가 해당 부동산을 3년 이상 교회의 고유목적사업인 종교 목적으로 사용했다고 하더라도 양도소득세를 납부해야만 합니다.

교회가 양도소득세를 내지 않기 위해 그 부동산의 양도차익에 해당하는 금액을 매매대금이 아니라 기부금 형식으로 지급받는 경우 이는 법위반이 될 수 있습니다.

부동산 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 매도인과 매수인은 매매가격을 신고할 의무가 있고 국세청은 신고가격이 실제 매매가격으로서 적정한지 여부에 대해서 검증을 하게 됩니다.

만약, 이를 위반할 경우 동법 제8조에 따라서 과태료(500만원 이하)가 부과됩니다.

따라서 양도차익을 기부금 형식으로 주고 받을 경우 이는 사기나 부정한 행위로 조세를 포탈하는 경우에 해당할 가능성이 높기 때문에 교회나 교회와 거래를 하려는 자는 이러한 행위를 해서는 안 됩니다.

또한 교회로부터 부동산을 매수하는 자의 경우 다운계약서에 기재된 매매대금으로 신고를 하고 취득세 등을 납부하는 경우 이 또한 조세포탈에 해당할 수 있습니다.