① 지급기일을 어긴 데 대하여 지급하는 위약금
자산의 양도대가를 지급함에 있어 양수인이 지급기일을 어긴 데 대하여 지급하는 위약금 또는 배상금은 양도와 관련하여 발생하는 소득이지만 양도대금 자체가 아님이 분명하고 또 자산의 이전과 대가적인 관계에 있다고 볼 수도 없다 할 것이며, 더욱이 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금을 양도소득과 합산과세하지 아니하는 기타소득의 범주에 넣고 있는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 위약금은 “양도가액”에 당연히 포함될 수는 없다.

② 수용시 건물보수비 상당액
한 동의 건물 중 일부가 수용되면서 양도대가와 별도로 건물보수비 명목으로 지급받은 금액으로서 현실적으로 발생한 피해의 보전 또는 원상회복을 초과하지 않는 범위내의 보수비 상당액은 당해 자산의 “양도가액”에 포함되지 않는 것이다.

③ 하자보상금 지급한 경우
부동산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산함에 있어 매매계약서의 특약조항에 양도일 이후 당해 부동산의 하자가 발생할 경우 그에 따른 보상금 지급에 대한 내용이 명기되어 있고 손해배상청구소에 의한 판결에 의하여 손해배상금이 지급되었다면 그 금액은 당초 양도가액에서 차감할 수 있다.
토지를 매수하여 건물을 신축하는 공사 중 지하에서 물이 나와 공사를 하지 못함에 따라 보상차원에서 반환하였다면 양도가액에서 차감하는 것이다.
손해보상금이 계약 당시 이미 발생한 하자에 대하여 법원의 결정에 따라 지급의무가 부여되어 양도자가 직접 매수자에게 지급된 것이고, 양도의 대가와 관련하여 지급된 경우에는 당해 부동산의 양도가액에서 차감하는 것이다.

④ 매수인으로부터 징수하여 부가가치세 납부하는 경우
실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 때에 취득 및 양도가액은 당해 자산의 취득 및 양도 당시에 실지거래된 가액으로 하는 것이며, 이 경우 양도가액에는 「부가가치세법」의 규정에 의한 사업자가 매수인으로부터 징수하여 국가에 납부하는 부가가치세는 포함하지 아니하는 것이다.

⑤ 건물에 부속된 방송장비 등
교회를 매매하면서 수령한 양도대가 중 교회건물에 부속된 방송장비 등의 대가가 포함되어 있는 것으로 보아 이를 차감한 금액을 양도가액으로 보아 과세하여야 한다,