장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 토지 및 건물에 대해서만 매년 3%씩 (10년 이상 30% 한도) 공제한다.

이 경우 미등기 양도자산과 조정대상지역 내의 다주택자는 장기보유특별공제가 공제되지 아니한다. 또한 1세대 1주택자가 과세되는 경우로 거주자인 경우에는 매년 8%씩 (80% 한도) 공제하고, 비거주자인 경우에는 매년 3%씩(한도 30%) 공제한는 것이다.

조합원입주권 양도시 장기보유특별공제는 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 대하여 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 공제율을 곱하여 계산한다.

보유기간의 계산은 다음과 같다.
1) 일반적인 경우
    그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.

2) 배우자 등의 증여자산
    소득세법 97의2 (배우자 또는 직계존비속의 증여자산에 대한 이월과세)의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

3) 상속인 경우
    상속자산의 보유기간은 상속개시일부터 양도일까지로 한다.

4) 주택을 멸실하고 신축한 경우
     1세대 1 주택의 보유기간을 계산함에 있어서 구주택을 멸실하고 신축주택을 양도하는 경우 당해 주택의 보유기간을 구주택 보유기간과 신축주택 보유기간을 “통산”하여 판정하도록 규정되어 있으며, 이러한 법 취지는 1주택 장기보유자에 대한 실현이득을 보존해 주고자 하는 데 있는 것이며, 구주택을 양도한 경우보다 노후로 인하여 구주택을 멸실하고 신축주택을 양도한 경우가 지나치게 불리한 법 적용을 받는다면 법적 안정성과 예측가능성에 위배될 뿐만 아니라, 장기보유특별공제가 자산별로 적용하는 일반원칙에 어긋나는 바, 양도소득 계산시 장기보유특별공제율을 구주택 보유기간과 신축주택 보유기간을 “통산”하여 적용하는 것이 타당하다.