거주자의 양도소득에 대한 과세표준은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다. 이 경우 과세대상 자산의 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 산정하는 것이다.

또한 2006.12.31.이전까지는 기준시가와 실지거래가액 (실가신고분 및 투기성거래 등) 으로 구분하여 양도차익을 계산하였고, 2007.01.01. 이후에는 모두 실지거래가액으로 계산한다. 다만, 부담부증여 및 교환 등은 기준시가로 결정이 가능하다.

양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액 (고가양도시 의제양도가액에 따른 가액 및 추계조사결정에 따라 매매사례가액. 감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액. 감정가액 등을 포함한다.)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액 (전소유자의 양도가액을 현소유자의 취득가액으로 의제에 따른 가액 및 추계조사결정에 따라 매매사례가액. 감정가액환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액. 감정가액. 환산가액 등을 포함한다.) 에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

토지와 건물 일괄양도시 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 일괄양도한 토지와 건물 중 취득 및 양도 당시의 실지거래가액이 모두 확인되는 토지는 확인된 실지거래가액에 의하여, 취득가액이 확인되지 아니하는 건물을 환산가액을 취득가액으로 보아 각각의 양도차익을 계산한다.

토지와 지장물 등을 함께 양도하는 경우 과수와 농작물에 대한 손실보상금을 토지의 양도가액과 별도로 구분하여 사업시행자로부터 지급받은 경우 동 과수와 농작물에 대한 보상금은 과세소득에 해당하지 아니하는 것이다.

과수원 토지를 양도함에 있어 과수의 가액을 별도로 평가하여 구분하지 아니한 경우에는 전체 양도가액을 토지의 양도가액으로 보는 것이다.